Zbog raznolikih reljefnih, geoloških i mikroklimatskih prilika, ali i raznolikosti tla u Parku prirode Papuk nalazimo čak 13 vrsta šumskih zajednica. Šume hrasta kitnjaka i graba dominiraju područjem do 350 metara nadmorske visine. Iznad toga područja nalazi se zona bukovih šuma. Šuma bukve i jele rastu na području iznad 700 metara. Na dijelu južnih, toplih obronaka Papuka i Krndije rastu šume hrasta medunca, sladuna i cera.
Veza među čovjekom i šumom stara je koliko i sama povijest svijeta. Utočište, hranu, ogrjev i građevinski materijal ljudi su oduvijek u dovoljnim količinama pronalazili u šumama. Šume su i izvor inspiracije umjetnicima i područje za rekreaciju ljudima umornim od gradskog sivila. Šume stvaraju kisik, štite od buke, čuvaju vodne rezerve, sprečavaju eroziju i uništenje tla… Šume su staništa brojnih biljnih i životinjskih vrsta, lišajeva i gljiva. No svaka šuma nije prava šuma! U mladim šumama, s tankim i gustim stablima ili u šumama u kojima se previše sijeku stabla i uklanjaju sušci živi mali broj životinjskih vrsta. Prave šumske vrste mogu živjeti samo u starim, zrelim šumama u kojima nema prevelike sječe i uređivanja. Na popisu ugroženih vrsta našle su se upravo one ptice, kukci, gljive i lišajevi koji žive samo u starim šumama.
Šume Parka prirode Papuk osobito one stare, podržavaju nacionalno važne populacije ugroženih vrsta ptica. U Parku prirode Papuk gnijezdi oko 18% hrvatske populacije goluba dupljaša (Columba oenas), koji je na popisu ugroženih vrsta i 6,6% europske populacije bjelovrate muharice (Ficedula albicollis). Obje ove vrste gnijezde u manjim ili većim dupljama u starim stablima. Zlatoglavi kraljić (Regulus regulus), vatroglavi kraljić (Regulus ignicapillus) i kreja (Nucifraga caryocatactes), zajedno s planinskim (Dendrocopos leucotos) koji se gnijezdi u šumama bukove i jele šumama predstavljaju izoliranu zajednicu planinskih ptica u ovom dijelu Hrvatske.
Stare šume su stanište Lobarie pulmonarie, rijetke i ugrožene vrste lišaja koja je nestala iz mnogih europskih šuma. Koraljasti igličar (Hericium coralloides) i Catinella olivacea su rijetke vrste gljiva koje ovise o količini mrtvog (dekompostirajućeg) drveća u šumama. Na Papuku su pronađene samo na području park-šume Jankovac i posebnog rezervata šumske vegetacije Sekulinačka planina.
